培养目标不同
    学术硕士以学术研究为导向，偏重理论和研究，致力于培养大学教师和科研机构研究人员;而专业硕士以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。
　专业学位教育的突出特点是学术型与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，如工程师、医师、教师、律师、会计师等。
    培养方式不同
    专业硕士的课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，以综合素养和应用知识与能力的提高为核心。教学内容强调理论性与应用性课程的有机结合，突出案例分析和实践研究。在具体的学习过程中，要求有为期至少半年的实践教学。
　 学术硕士的课程设置则侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。
　此外，专业硕士是双导师制。根据教育部的要求，专业硕士须由校外导师参与实践过程、项目研究等指导工作。
    考试内容和难度不同
    对考生来说，学术硕士的招生考试只有年初的"统考"，专业硕士的招生考试则有10月份的"联考"和年初的"统考"两次机会。两者的"统考"科目不一样，具体考试科目可以参看报考学校的招生简章。
　 在初试和面试时，两者考查的侧重点也不一样：学术硕士侧重于主干学科的深度考查;专业硕士侧重于学科基础、综合能力，考查面比较广。在复试时，专业硕士有时还会增加对职业基本能力的考查和职业定向能力的理解。
　学位论文要求不同
    根据教育部的要求，专业硕士的学位论文选题应来源于应用课题或现实问题，必须要有明确的职业背景和应用价值。学位论文形式可以多种多样，可采用调研报告、 应用基础研究、规划设计、产品开发、案例分析、项目管理、文学艺术作品等形式。学位论文评阅人和答辩委员会成员中，应有相关行业实践领域具有高级专业技术 职务的专家。
    学制不同
    大部分学术硕士通常是2年半到3年;专业硕士则通常是2年或2年半，不过也有例外。总体而言，专业硕士可以比学术硕士早毕业。
    学费不同
    学术硕士录取为国家计划内(非定向、定向)的硕士生按国家规定享受免学费待遇。录取为国家计划外(委托培养、自筹经费)的硕士生须缴纳学费，不同专业学费有所不同。
　多数专业硕士要收费，不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而工程硕士的学费一般为3-4万元。
    考博、就业前景不同
    学术硕士在读期间可以申请硕博连读、提前攻博，与本科选硕士的推免生类似，选上者不用做硕士论文而免试录取为博士生。专业硕士则不具备申请资格。但专业硕士在获得硕士学位后，可通过普通招考方式报考博士研究生。
　 在就业方面，学术硕士毕业生的社会认可度非常高，一般情况下，学术硕士的培养目标定位为大学教师和科研机构的研究人员。