(一)刑法原则
1、实行刑罚从重从新原则。汉唐以来在刑罚适用上强调从轻原则。《大明律·名例》规定：“凡律自颁降日为始，若犯在已前者，并依新律拟断。”
2、“重其所重，轻其所轻”的原则。对于贼盗及有关钱粮等事，明律较唐律处刑为重。唐律一般根据情节轻重作出不同处理，牵连范围相对较狭;而明律则不分情节，一律处以重刑，且扩大株连范围，此即“重其所重”原则。对于“典礼及风俗教化”等一般性犯罪，明律处罚轻于唐律，此即“轻其所轻”的原则。对某些危害不大的“轻罪”从轻处罚是为了突出“重其所重”的原则。
(二)罪名与刑罚
1、“奸党罪”的创设。朱元璋洪武年间创设“奸党”罪，用以惩办官吏结党危害皇权统治的犯罪。“奸党”罪无确定内容，实际是为皇帝任意杀戮功臣宿将提供合法依据。
2、在流刑外增加充军刑，即强迫犯人到边远地区服苦役，远至4000里，近至1000里，并有本人终身充军与子孙永远充军的区分。
