在职研究生和全日制研究生的上课方式不同。在职研究生目前主要是以同等学力申硕和专业硕士的形式进行招生的。上课时间多为周末授课和集中授课的形式，可以一边上课一边学习，二者互不影响，理论与实践相结合的形式，让学员对于所学知识更好的应用到实践当中。而全日制研究生的上课方式和本科的上课方式一样，周一到周五按照学校的课程安排进行上课。
在职研究生和全日制研究生完成毕业论文答辩获得的证书不同。同等学力申硕毕业获得硕士学位证书，专业硕士毕业后获得硕士学位证和硕士学历证，但是在毕业证书上会印有“非全日制”字样。
但是二者也有很多相同点，非全日制研究生和全日制研究生培养方案相同，坚持同一标准，保证同等质量。非全日制硕士和全日制硕士的硕士学位证和硕士学历证具有相同的法律效力和同等的含金量。
