临床医学在职研究生专业认证指标体系包括10项标准(宗旨及目标、教育计划，学生成绩评定，学生，教师，教育资源，教学评价，科学研究，行政和管理，改革与发展)和44个亚标准。《标准》中的各项指标要求如下：

　　1. 宗旨及目标：包括宗旨及目标、宗旨及目标的确定、学术自治、教育结果等4个亚标准，重点考察学校是否按照卫生需要和专业标准明确办学宗旨和目标，在宗旨和目标确定的过程中是否有共同利益方(学校领导、医学院的行政管理人员、教职人员、学生、用人单位及政府主管部门或学校的主办者)的参与，全校师生是否周知，在教学管理过程中，相关利益方是否参与，学校确定的培养目标、教育计划、教育评价是否实行基于职业能力的医学教育，符合毕业生应达到的基本要求。

　　2. 教育计划：包括课程计划，教学方法，科学方法教育，思想道德修养课程，自然科学课程，生物医学课程，行为科学、人文社会科学及医学伦理学课程、公共卫生课程、临床医学课程、课程计划管理、与毕业后和继续医学教育的联系等11个亚标准，考查内容包括学校课程计划的制定是否依据医疗卫生服务的需要、医学科学的进步、医学模式的转变及学校实际情况，制定过程中是否有共同利益方的参与和理解，教育计划的制定是否考虑到培养学生自主学习能力、批判性思维、科学方法、终身学习能力、沟通协作意识的培养并为毕业后教育奠定基础和有机的衔接，课程计划中是否进行或加强课程的整合(横向或纵向)，是否包含通识教育，全科医学、医学伦理、循证医学，早期接触临床，预防医学，社区医学及初级卫生保健知识，教学方法上是否开展以“学生为中心”、“自主学习”为内容的教育方式及教学方法改革，生物医学课程及临床医学课程阶段是否采取小班、小组方式教学，课程计划实施过程中是否有专门机构负责制定操作、信息意见反馈、规划调整等具体工作。

　　3. 学生成绩评定：包括学生成绩评定体系，考试和学习之间的关系，考试结果分析与反馈，考试管理等4个亚标准。考察学校的成绩评定体系的建立与运行情况及是否符合学校的教育目标，能够全面评价学生的知识、技能、行为、态度、分析与解决问题的能力、获取知识能力及人际交流能力，是否采用先进、客观的考试方法，如平时的形成性评价方法、跨学科的整合式试题、客观结构化临床考试(OSCE)等，是否进行规范化的考试过程管理，考试后是否进行基于教育测量学的考试分析，是否为改进教与学提供有效的信息。

　　4. 学生：包括招生政策，新生录取，学生支持与咨询，学生代表等4个亚标准。考察学校招生政策是否合理规范、公开透明，是否有相应机构为学生提供包括课程选修、成绩评定、学习、心理、就业、生活等方面的指导，是否为经济困难学生提供经济帮助，是否有学生代表参与学校管理、教学改革、课程计划的制定、评估及其他与学生有关的事务，是否支持学生成立自我管理、自我教育、自我服务的相关组织，是否有完善的学生申诉机制。

　　5. 教师：包括聘任政策，师资政策及师资培养等2个亚标准。考察学校教师是否符合学校的办学规模和目标定位，满足教学、科研、教学改革的需要，师资队伍结构是否合理，是否有保障教师的合法权利和义务的政策并有效执行，是否能够作为共同利益方参与教学管理与决策，是否建立教师业绩考核评价体系，是否为保证教师的培养，考核及交流，是否建立教师成长中心，培训教育理论及技能。

　　6. 教育资源：包括教育预算与资源配置，基础设施，临床教学基地，图书及信息服务，教育专家，教育交流等6个亚标准。考察内容包括学校教育经费所占当年会计决算的比例是否达到国家有关规定，投入是否逐年增加，是否有足够的基础设施(各类教室、多媒体设备、小组讨论学习室、基础实验室、实验设备、示教室、临床模拟技能实验室、教学考核设施、图书馆、信息技术设施、因特网接入、文体活动场所、学生公寓等)供师生的教学活动使用，能否保证教育计划的完成，学校是否有足够的三级甲等附属医院，医学类专业在校生与病床总数比例能否达到1:1，是否有社区卫生服务中心、乡镇卫生院、疾病预防与控制机构基地，临床教学基地管理是否规范，学校图书与信息资源是否充足，能否有效的用于教学工作为师生提供服务，学校是否有教育专家参与医学教育的决策，教育计划的制定及教学方法的改革并发挥有效的作用，是否与其他的高等教育机构建立合作及学分互认的机制，是否有适当的资源促进教师和学生进行地区及国家间的交流。

　　7. 教学评价：包括教育评价机制，教师和学生的反馈，利益方的参与，毕业生质量等4个亚标准。考察学校是否在共同利益方的参与下建立有效的教育评价体系以确保课程计划的实施和教学各环节(尤其是教育计划、教育过程及教育结果)的运行，能及时发现和解决问题，是否进行毕业生质量调查制度，并将其反馈信息作为改进教育质量，调整教育计划和改进教学工作的主要依据。

　　8. 科学研究：包括教学与科研的关系，教师科研，学生科研3个亚标准。考察学校是否有相应的科研政策、发展规划和管理办法，是否为教师提供基本的科学研究条件，教师的科研活动能否引入教学工作，培养学生的科学思维、科学方法及科学精神，是否有足够的医学教育研究和管理，是否有对学生科研能力的培养，通过综合性设计性实验、开设学术讲座、组织科研小组等形式为学生创造参与科研的机会和条件。

　　9. 行政和管理：包括管理，医学院校领导，行政管理人员，与卫生部门的关系等4个亚标准。考察学校民主管理机制的建立与执行情况，是否设立学术委员会、教学委员会等组织，审议教学计划、教学改革及科研等重要事项，医学院校主管教学的领导是否有足够的管理权限，是否有结构合理的行政管理队伍并有相应的管理制度和教育培训，是否与卫生管理部门和机构建立建设性的关系。

　　10. 改革与发展：包括发展规划和持续改革2个亚标准。考察学校是否有发展规划并定期回顾和检查，是否顺应医学教育发展趋势，建立现代医学教育体系，建立完善、规范的管理体制，培养目标、教育计划、课程结构、教学内容和方法，考核方法与时俱进，适应社会需求。